주성분 분석

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

PCA 예시

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

PCA 2샘플

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

pc2

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

PC 영향

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

PCA 영향

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

PCA 영향

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

PCA 샘플 값

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

PCA 예시

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

주성분 분석(PCA): 이론

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

연습해 봅시다!

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

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