시간적 측정

Python을 활용한 생의학 영상 분석

Stephen Bailey

Instructor

박출 분율

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

심박동

박출 분율

절차

좌심실 분할
시계열의 각 3D 볼륨에 대해 부피 계산
최솟값 및 최댓값 선택
박출 분율 계산

각 시점의 부피 계산

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

시계열 그래프

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

박출 분율 계산

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

최댓값-최솟값 나란히 비교

연습해 봅시다!

Python을 활용한 생의학 영상 분석