강도 측정

Python을 활용한 생의학 영상 분석

Stephen Bailey

Instructor

강도 측정

심장 시계열의 단일 볼륨에 대해 다음 레이블이 있습니다:

좌심실
중앙 부분

레이블이 포함된 심장 2D 이미지

함수

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

전체 차원에 적용되며, 특정 레이블에 선택적으로 적용 가능합니다.

사용자 정의 함수:

ndi.labeled_comprehension()

측정 함수 호출

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# All pixels
ndi.mean(vol)

3.7892

# Labeled pixels
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# Label 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# Labels 1 and 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

객체 히스토그램

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

객체 히스토그램

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

히스토그램 플롯

여러 조직 유형을 포함하는 히스토그램은 여러 개의 피크를 가집니다
잘 분할된 조직의 히스토그램은 정규 분포와 유사합니다

연습해 봅시다!

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