Bioconductor에서 S4의 역할

R로 시작하는 Bioconductor

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

장점

CRAN, 간단하지만 강력함
유연하고 대화형
제네릭 함수 사용
기능이 첫 번째 인수에 의존
예시: plot() 및 methods(plot)

단점

타입 검증 및 명명 규칙 미흡 (점 사용 여부 불명확)
상속은 가능하지만 입력에 의존

S4

장점

클래스의 공식적인 정의
Bioconductor 재사용성
타입 검증 지원
명명 규칙 존재

예시: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

단점

S3에 비해 복잡한 구조

S4 여부 확인

객체가 S4인지 확인

isS4(myDescriptor)

TRUE

S4 객체의 str은 Formal class로 시작

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4 클래스 정의

클래스는 표현 방식을 정의함

name
slots (메서드/필드)
contains (상속 정의)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

객체 요약

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

연습해 봅시다!

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