패턴에 관심을 갖는 이유

R로 시작하는 Bioconductor

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

서열 패턴

패턴으로 무엇을 찾을 수 있을까요?

유전자 시작 위치
단백질 종료 위치
유전자 발현을 촉진 또는 억제하는 영역
생물체 간 보존 영역
유전적 변이

패턴 매칭

Biostrings는 패턴 매칭 함수를 제공합니다
matchPattern(pattern, subject)
- 1개 문자열 대 1개 문자열
vmatchPattern(pattern, subject)
- 여러 문자열 대 1개 문자열
- 1개 문자열 대 여러 문자열

회문 서열

never odd or even

findPalindromes() # find palindromic regions in a single sequence

새로운 생물학이 아닙니다

유전 정보의 코딩은 1963년 Nirenberg에 의해 처음 기술되었습니다 On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28
읽기 틀에 따른 번역 차이는 1966년 Streisinger에 의해 처음 기술되었습니다 Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3

지카 바이러스의 보존 영역

지카 바이러스 단백질 블록 수정된 그림 모기에서 인간으로: 지카 바이러스의 유전적 진화 Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

주요 사실

지카 바이러스는 양성 가닥 게놈을 가집니다
인간, 원숭이, 모기에서 서식합니다
플라비바이러스과에 속하며 11개의 보존 단백질을 공유합니다

패턴 탐색을 직접 실습해 봅시다!

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