Biostrings 소개

R로 시작하는 Bioconductor

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Biostrings

  • 서열의 빠른 처리를 위한 알고리즘
  • 많은 Bioconductor 패키지가 Biostrings에 의존합니다
BiocManager::install("Biostrings")
R로 시작하는 Bioconductor

생물학적 문자열 컨테이너

  • Biostrings → 문자 서열을 메모리 효율적으로 저장 및 처리
  • 상속 가능한 컨테이너

예시:

  • BString 클래스는 big string에서 유래
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String과 Set

 

  • XString: 단일 서열 저장
    • BString: 임의 문자열
    • DNAString: DNA
    • RNAString: RNA
    • AAString: 아미노산

 

  • XStringSet: 다중 서열
    • BStringSet
    • DNAStringSet
    • RNAStringSet
    • AAStringSet
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showClass()

showClass("XString")

Virtual Class "XString" [package "Biostrings"]

Slots:

Name:             shared            offset            length   elementMetadata          metadata
Class:         SharedRaw           integer           integer DataFrame_OR_NULL              list

Extends: 
Class "XRaw", directly
Class "XVector", by class "XRaw", distance 2
Class "Vector", by class "XRaw", distance 3
Class "Annotated", by class "XRaw", distance 4
Class "vector_OR_Vector", by class "XRaw", distance 4

Known Subclasses: "BString", "DNAString", "RNAString", "AAString"
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Biostrings 알파벳

DNA_BASES # 4 DNA bases

RNA_BASES # 4 RNA bases

"A" "C" "G" "T"

"A" "C" "G" "U"

AA_STANDARD # 20 Amino acids

"A" "R" "N" "D" "C" "Q" "E" "G" "H" "I" "L" "K" "M" "F" "P" "S" "T" "W" "Y" "V"

DNA_ALPHABET # contains IUPAC_CODE_MAP 
RNA_ALPHABET # contains IUPAC_CODE_MAP 
AA_ALPHABET  # contains AMINO_ACID_CODE
1 IUPAC DNA 코드 추가 정보: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/iupac.html
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전사 및 번역

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DNA에서 RNA로 전사

# DNA single string
dna_seq <- DNAString("ATGATCTCGTAA")
dna_seq

12-letter DNAString object
seq: ATGATCTCGTAA

# Transcription DNA to RNA string
rna_seq <- RNAString(dna_seq)
rna_seq

12-letter RNAString object
seq: AUGAUCUCGUAA
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RNA에서 아미노산으로 번역

rna_seq

12-letter RNAString object 
seq: AUGAUCUCGUAA

# Translation RNA to AA
aa_seq <- translate(rna_seq)
aa_seq

RNA 염기 3개가 아미노산 1개를 구성합니다: AUG = M, AUC = I, UCG = S, UAA = *

4-letter AAString object
seq: MIS*
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DNA에서 아미노산으로 바로 번역

dna_seq

12-letter DNAString object
seq: ATGATCTCGTAA

# translate() also goes directly from DNA to AA
translate(dna_seq)

4-letter AAString object
seq: MIS*
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지카 바이러스

지카 바이러스

지카 증상

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지카 바이러스로 실습해 봅시다!

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