시퀀스 범위
R로 시작하는 Bioconductor
Paula Andrea Martinez, PhD.
Data scientist
숫자 인수를 사용한 IRanges
# Loading IRanges
library(IRanges)
범위는 start와 end로 정의됩니다.
myIRanges <- IRanges(start = 20, end = 30)
myIRanges
IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
start end width
<integer> <integer> <integer>
[1] 20 30 11
(myIRanges_width <- IRanges(start = c(1, 20), width = c(30, 11)))
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
start end width
<integer> <integer> <integer>
[1] 1 30 30
[2] 20 30 11
(myIRanges_end <- IRanges(start = c(1, 20), end = 30))
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
start end width
<integer> <integer> <integer>
[1] 1 30 30
[2] 20 30 11
공식: width = end - start + 1
Rle - 런 길이 인코딩
- Rle는 런 길이 인코딩(Run length encoding)을 의미합니다.
- 벡터 또는 팩터의 길이와 값을 계산하고 저장합니다.
- Rle는 긴 반복 벡터를 효율적으로 저장하는 범용 S4 컨테이너입니다.
(some_numbers <- c(3, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 2))
3 2 2 2 3 3 4 2
(Rle(some_numbers))
numeric-Rle of length 8 with 5 runs
Lengths: 1 3 2 1 1
Values : 3 2 3 4 2
논리 벡터를 사용한 IRanges
IRanges(start = c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE))
IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
start end width
<integer> <integer> <integer>
[1] 3 4 2
논리 Rle를 사용한 IRanges
gi <- c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE)
myRle <- Rle(gi)
logical-Rle of length 7 with 3 runs
Lengths: 2 2 3
Values : TRUE FALSE TRUE
IRanges(start = myRle)
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
start end width
<integer> <integer> <integer>
[1] 1 2 2
[2] 5 7 3
요약
IRanges는 메타데이터를 포함할 수 있는 계층적 데이터 구조입니다.
IRanges 객체 생성 방법:
start,end, 또는width를 숫자 벡터(또는 NULL)로 지정.start인수에 논리 벡터 또는 논리 Rle 객체 사용.- Rle는 런 길이 인코딩(Run length encoding)으로 저장 효율적입니다.
- IRanges 인수는 재활용됩니다(빈 값 채움).
- 시퀀스 범위 공식:
width = end - start + 1.
시퀀스 범위를 연습해 봅시다!
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