유전체 데이터셋의 생물학 소개

R로 시작하는 Bioconductor

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

생명계 왕국의 생물들

DNA 구성 요소

유전체 구성 요소

유전 정보 DNA 알파벳
염색체 집합 (수는 매우 다양)
유전자 (유전 정보 전달)
- 코딩 및 비코딩
단백질 (특정 기능 담당)
- DNA → RNA (전사)
- RNA → 단백질 (번역)

효모

단세포 미생물
사람들이 사랑하는 곰팡이 ♥
발효에 활용: 맥주, 빵, 케피어, 콤부차, 생물정화 등
학명: Saccharomyces cerevisiae 또는 S. cerevisiae

BSgenome 어노테이션 패키지

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

서열 가져오기

getSeq(): BSgenome용 S4 메서드

# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)

연습해 봅시다!

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