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R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

John Blischak

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R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

p-값의 히스토그램

  • limma 함수 topTable

  • 대비 지정

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

화산 플롯

  • limma 함수 volcanoplot

  • x축: 대비 그룹 간 발현의 로그 배율 변화

  • y축: 차등 발현의 로그 오즈

  • 대비 지정, 예: coef = "dox_wt"

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

KEGG 농축 검정

  • limma 함수 kegga 및 topKEGG

  • 대비 지정, 예: coef = "dox_wt"

  • species = "Mm"으로 마우스 종 지정

    • Mm == Mus musculus
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

이제 연습해 봅시다!

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

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