정규화 및 필터링

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

John Blischak

Instructor

전처리 단계

  • 로그 변환

  • 분위수 정규화

  • 필터링

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

시각화

library(limma)

# Plot distribution of each sample
plotDensities(eset, legend = FALSE)

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

로그 변환

100 - 1
.1 - .001

99
0.099

log(100) - log(1)

4.60517

log(.1) - log(.001)

4.60517

# Log tranform
exprs(eset) <- log(exprs(eset))
plotDensities(eset, legend = FALSE)

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

분위수 정규화

# Quantile normalize
exprs(eset) <- normalizeBetweenArrays(exprs(eset))

plotDensities(eset, legend = FALSE)

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

유전자 필터링

# View the normalized data
plotDensities(eset, legend = FALSE)
abline(v = 5)


# Create logical vector
keep <- rowMeans(exprs(eset)) > 5
# Filter the genes
eset <- eset[keep, ]
plotDensities(eset, legend = FALSE)

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

연습해 봅시다!

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

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