데이터 전처리

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

John Blischak

Instructor

독소루비신 유발 심독성 기전

독소루비신 작용 기전 연구를 위한 2x2 설계:
- 유전자형 2종: 야생형 (wt), Top2b 결손 (top2b)
- 처리 2종: PBS (pbs), 독소루비신 (dox)
- Zhang et al. 2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석