차등 결합 검정

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq 샘플 그룹 비교

  • 리드 카운트의 통계 분석을 통해 그룹 간 유의한 차이를 식별합니다.
  • DiffBind 패키지는 분석 도구에 대한 인터페이스를 제공합니다.
    • DESeq2 또는 edgeR을 사용합니다.
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

공유 피크 세트 생성

피크 세트에서 리드 카운팅:

peak_counts <- dba.count(qc_output, summits=250)
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대비 설정

대비 설정:

peak_counts <- dba.contrast(peak_counts, categories = DBA_CONDITION)

기타 지원 범주:

  • DBA_ID
  • DBA_TISSUE
  • DBA_FACTOR
  • DBA_TREATMENT
  • DBA_REPLICATE
  • DBA_CALLER
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대조군 사용

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

분석 실행

bind_diff <- dba.analyze(peak_counts)
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결과 살펴보기

차등 결합 피크의 PCA 플롯

dba.plotPCA(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)

차등 결합 피크의 히트맵

dba.plotHeatmap(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

연습해 봅시다!

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

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