ChIP-seq란 무엇인가?

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

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R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

데이터 소개

  • 전립선암 환자
    • 원발성 종양 샘플 5개
    • 치료 내성 샘플 3개
  • 안드로겐 수용체(AR) 대상 ChIP
  • AR은 테스토스테론 결합으로 활성화
  • 활성화된 AR은 표적 유전자 발현 조절
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

R에서 ChIP-seq 데이터 접근

  • BAM 파일 불러오기
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • 리드 좌표 조회
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • 커버리지 계산
coverage(reads)
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

피크 호출 데이터 접근

  • BED 파일 불러오기
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • 피크 좌표 조회
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • 피크 점수 추출
score(peaks)
R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

연습해 봅시다!

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

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