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R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

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좌표 설정

library(Gviz)

ideogram <- IdeogramTrack("chr12", 
                          "hg19")

axis <- GenomeAxisTrack()

plotTracks(list(ideogram, axis), 
           from=101360000, 
           to=101380000)

데이터 추가

cover_track <- DataTrack(cover_ranges,window=100000,type='h',name="Coverage")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, axis), from=101360000, to=101380000)

어노테이션 추가

peak_track <- AnnotationTrack(peaks, name="Peaks")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, axis), 
           from=101360000, to=101380000)

유전자 어노테이션

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)

tx <- GeneRegionTrack(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, chromosome="chr12", 
                      start=101360000, end=101380000, name="Genes")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, tx, axis),
           from=101360000, to=101380000)

연습해 봅시다!

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq