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R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

시퀀스 리드 처리

readGAlignments를 사용하여 매핑된 리드를 가져옵니다.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

GAlignments 객체를 반환합니다.

library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)

reads <- readGAlignments(views)

BamViews 함수는 여러 BAM 파일을 지원합니다.

import.bed를 사용하여 BED 파일에서 피크 콜을 불러옵니다.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

peaks를 사용하여 BAM 파일의 뷰를 정의합니다.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)

R에서 Bioconductor로 배우는 ChIP-seq