DESeq2モデル - コントラスト

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2ワークフロー

DESeq2ワークフロー - LFC縮小

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2ワークフロー

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2 負の二項モデル

負の二項モデル

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2 負の二項モデル

負の二項モデル2

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2コントラスト

results(wt_dds, alpha = 0.05)

コントラスト出力

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2コントラスト

構文は次のとおりです:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2コントラスト

wt_res

コントラスト出力

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2 LFC縮小

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

MAプロット（縮小前の折り畳み変化）

RNA-Seq with Bioconductor in R

LFC縮小

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
RNA-Seq with Bioconductor in R

LFC縮小

MAプロット（縮小後の折り畳み変化）

RNA-Seq with Bioconductor in R

練習しましょう！

RNA-Seq with Bioconductor in R

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