DESeq2のデータ整理

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2へのデータ入力：サンプルの順序

メタデータ 順序なしのメタデータ

生カウント数順序付きカウント

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2へのデータ入力：サンプルの順序

rownames(wt_metadata)

 [1] "wt_normal3"  "smoc2_fibrosis2" "wt_fibrosis3"  "smoc2_fibrosis3" "smoc2_normal3"   "wt_normal1"     
 [7] "smoc2_normal4"  "wt_fibrosis2"  "wt_normal2"  "smoc2_normal1"  "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis4"
[13] "wt_fibrosis4"  "wt_fibrosis1" 

colnames(wt_rawcounts)

 [1] "wt_normal1"  "wt_normal2"  "wt_normal3"  "wt_fibrosis1"   "wt_fibrosis2"    "wt_fibrosis3"   
 [7] "wt_fibrosis4"  "smoc2_normal1"  "smoc2_normal3"  "smoc2_normal4"   "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis2"
[13] "smoc2_fibrosis3" "smoc2_fibrosis4"
RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2へのデータ入力：サンプルの順序

all(rownames(wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

FALSE
RNA-Seq with Bioconductor in R

ベクトル間の順序の一致

match()関数の使い方:

match(vector1, vector2)

vector1: 希望する順序を持つベクトル

vector2: 並べ替え対象のベクトル

出力: vector2をvector1と同じ順序に並べ替えるためのインデックス

match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata)

6   9   1   14  8   3   13  10  5   7   11  2   4   12
RNA-Seq with Bioconductor in R

match()の出力を使った並べ替え: 

idx <- match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata))

reordered_wt_metadata <- wt_metadata[idx, ]

View(reordered_wt_metadata)

並べ替え後のメタデータ

RNA-Seq with Bioconductor in R
all(rownames(reordered_wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

TRUE

並べ替え後のメタデータ

 

順序付きカウント

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2オブジェクトの作成

# Create DESeq object
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

DESeqオブジェクト

RNA-Seq with Bioconductor in R

では、練習しましょう！

RNA-Seq with Bioconductor in R

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