カウントの正規化

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

ワークフロー-正規化

RNA-Seq with Bioconductor in R

カウントの正規化

正規化手法

RNA-Seq with Bioconductor in R

ライブラリ深度の正規化

正規化手法

RNA-Seq with Bioconductor in R

正規化手法

RNA-Seq with Bioconductor in R

ライブラリ組成の影響

RNA組成 - 正規化

RNA-Seq with Bioconductor in R

DESeq2の正規化

中央値比の例

RNA-Seq with Bioconductor in R

正規化カウント:計算

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

サイズ係数

RNA-Seq with Bioconductor in R

正規化カウント:抽出

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

正規化カウント

RNA-Seq with Bioconductor in R

練習しましょう!

RNA-Seq with Bioconductor in R

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