RNA-Seq 差次発現解析のまとめ

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

ワークフロー

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seq 調製

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品質管理

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seq ワークフロー：生データの品質管理

シーケンスの汚染

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アライメント

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seq ワークフロー：アライメント

アライメント2

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定量化

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RNA-Seq ワークフロー：定量化

カウント

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全体ワークフロー

RNA-Seq with Bioconductor in R

差次発現解析の準備：DESeq2 オブジェクト

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

カウントデータ

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さあ、練習しましょう！

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