RNA-Seqワークフロー

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seqワークフロー：実験デザイン

  生物学的反復

  • 技術的反復： 技術的変動は通常小さいため、不要です。

  • 生物学的反復： RNA-Seq発現変動解析の成否を左右します。反復数が多いほど良く、最低でも3つ必要です。

  • バッチ効果： 可能な限り回避し、実験変数をすべて記録してください。

RNA-Seq with Bioconductor in R

ワークフロー

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seq調製

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品質管理

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seqワークフロー：品質管理

シーケンス品質

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アライメント

RNA-Seq with Bioconductor in R

RNA-Seqワークフロー：アライメント

ゲノムへのアライメント

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定量化

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RNA-Seqワークフロー：カウント行列

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

カウント行列

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完全なワークフロー

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結果の例

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完全なワークフロー

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練習してみましょう！

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