教師なしクラスタリング解析

RNA-Seq with Bioconductor in R

Mary Piper

Instructor

DESeq2ワークフロー - QC

RNA-Seq with Bioconductor in R

教師なしクラスタリング解析：対数変換

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq with Bioconductor in R

ヒートマップの例

RNA-Seq with Bioconductor in R

相関ヒートマップによる階層クラスタリング

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

相関行列

RNA-Seq with Bioconductor in R

相関ヒートマップによる階層クラスタリング

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq with Bioconductor in R

相関ヒートマップによる階層クラスタリング

野生型ヒートマップ

RNA-Seq with Bioconductor in R

では、練習しましょう！

RNA-Seq with Bioconductor in R

Preparing Video For Download...