マスク

Python による生体医療画像解析

Stephen Bailey

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マスク

元の画像

FullBrain

画像マスク

Mask

Python による生体医療画像解析

マスクの作成

論理演算により各ピクセルで True / False が返されます

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

演算例

演算 例
より大きい im > 0
等しい im == 1
XかつY (im > 0) & (im < 5)
XまたはY (im > 10) | (im < 5)
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マスクの作成

 

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

 

mask1 = im > 32

足のヒストグラム

足のマスク1

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マスクの作成

 

mask2 = im > 64

 

mask3 = mask1 & ~mask2

足のマスク2

足のマスク1と2

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マスクの適用

np.where(condition, x, y)  マスクを通過するデータを制御します。

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

骨以外を除去した画像

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マスクの調整

m = np.where(im > 64, 1, 0)

足のマスク1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

足のマスク：バイナリ膨張

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マスクの調整

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

足のマスク：バイナリ収縮

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練習しましょう！

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