時系列での計測

Python による生体医療画像解析

Stephen Bailey

Instructor

駆出率

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

心拍動

駆出率

手順

左心室をセグメント化する
時系列の各3Dボリュームについてボリュームを計算する
最小値と最大値を選択する
駆出率を計算する

各時点のボリュームを計算する

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

時系列プロット

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

駆出率を計算する

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

最大値・最小値の並列表示

練習しましょう！

Python による生体医療画像解析