BioconductorにおけるS4の役割

Rで始めるBioconductor入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

利点

CRANに対応、シンプルかつ強力
柔軟でインタラクティブ
ジェネリック関数を使用
機能は第1引数に依存
例：plot() と methods(plot)

欠点

型の検証と命名規則が不十分（ドットの扱いが曖昧）
継承は可能だが、入力に依存

S4

利点

クラスの正式な定義
Bioconductorでの再利用性
型の検証あり
命名規則あり

例：myDescriptor <- new("GenomeDescription")

欠点

S3と比べて構造が複雑

S4かどうかを判定する

オブジェクトがS4かどうかを確認する

isS4(myDescriptor)

TRUE

S4オブジェクトのstrはFormal classで始まる

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4クラスの定義

クラスは表現を記述する

name（名前）
slots（メソッド／フィールド）
contains（継承の定義）

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

オブジェクトの概要

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

練習しましょう！

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