パターンに注目する理由

Rで始めるBioconductor入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

配列パターン

パターンで何がわかるか？

遺伝子の開始点
タンパク質の終端
遺伝子発現を促進または抑制する領域
生物間の保存領域
遺伝的変異

パターンマッチング

Biostrings はパターンマッチング関数を提供する
matchPattern(pattern, subject)
- 1対1の文字列マッチング
vmatchPattern(pattern, subject)
- 1つの文字列セットと1つの文字列
- 1つの文字列と文字列セット

パリンドローム

never odd or even

findPalindromes() # find palindromic regions in a single sequence

新しい生物学ではない

遺伝暗号は1963年にNirenbergによって初めて記述された On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28
読み取り枠による翻訳の違いは、1966年にStreisingerによって初めて記述された Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3

ジカウイルスの保存領域

ジカウイルスのブロック構造改変図蚊からヒトへ：ジカウイルスの遺伝的進化 Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

事実

ジカウイルスはプラス鎖ゲノムを持つ
ヒト、サル、蚊に寄生する
フラビウイルス科に属し、11種の保存タンパク質を共有する

パターン検索を練習しましょう！

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