シーケンス範囲

Rで始めるBioconductor入門

Paula Andrea Martinez, PhD.

Data scientist

数値引数によるIRanges

# Loading IRanges
library(IRanges)

範囲はstartとendで定義されます

myIRanges <- IRanges(start = 20, end = 30)
myIRanges

IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
   start       end     width
<integer> <integer> <integer>
[1]   20        30        11

(myIRanges_width <- IRanges(start = c(1, 20), width = c(30, 11)))

 IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width    
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1        30        30       
[2]        20        30        11

(myIRanges_end <- IRanges(start = c(1, 20), end = 30))

 IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width    
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1        30        30       
[2]        20        30        11

計算式: width = end - start + 1

Rle - ランレングス符号化

RleはRun length encoding（ランレングス符号化）の略
ベクトルまたは因子の長さと値を計算・格納
Rleは長い反復ベクトルを効率的に保存するS4汎用コンテナ

(some_numbers <- c(3, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 2))

3 2 2 2 3 3 4 2

(Rle(some_numbers))

numeric-Rle of length 8 with 5 runs
Lengths: 1 3 2 1 1
Values : 3 2 3 4 2

論理ベクトルによるIRanges

IRanges(start = c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE))

 IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
      start       end     width
  <integer> <integer> <integer>
[1]       3         4         2

論理RleによるIRanges

gi <- c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE)
myRle <- Rle(gi)

logical-Rle of length 7 with 3 runs
Lengths:     2     2     3
Values :  TRUE FALSE  TRUE

IRanges(start = myRle)

IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1         2         2
[2]         5         7         3

まとめ

IRangesは階層的なデータ構造でメタデータを持てます。

IRangesオブジェクトの構築:

start、end、またはwidthを数値ベクトル（またはNULL）で指定。
start引数に論理ベクトルまたは論理RleオブジェクトをしようできますUse。
- Rleはランレングス符号化で、メモリ効率が良い。
- IRangesの引数はリサイクルされます。
- シーケンス範囲の計算式: width = end - start + 1。

シーケンス範囲を練習しましょう！

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