ゲノムデータセットの生物学入門

Rで始めるBioconductor入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

生命の界に属する生物

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DNA の構造

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ゲノムの構成要素

  • DNA アルファベットによる遺伝情報
  • 染色体のセット（数は種により大きく異なる）
  • 遺伝子（遺伝情報を担う）
    • コーディングと非コーディング
  • タンパク質（特定の機能を担う）
    • DNA → RNA（転写）
    • RNA → タンパク質（翻訳）
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酵母

  • 単細胞微生物
  • 人々に愛される真菌 ♥
  • 発酵に利用：ビール、パン、ケフィア、コンブチャ、生物修復など
  • 学名：Saccharomyces cerevisiae（S. cerevisiae）

酵母

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BSgenome アノテーションパッケージ

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...
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length(yeast)

17

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779
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配列の取得

  • getSeq(): BSgenome の S4 メソッド
# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)
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練習しましょう！

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