結果の確認

R での limma を用いた Differential Expression 解析

John Blischak

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vennDiagram(results)

R での limma を用いた Differential Expression 解析

p値のヒストグラム

  • limmaの関数 topTable

  • コントラストを指定

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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ボルカノプロット

  • limmaの関数 volcanoplot

  • x軸：比較グループ間の発現量の対数倍率変化

  • y軸：差次的発現の対数オッズ

  • コントラストを指定（例： coef = "dox_wt"）

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KEGGエンリッチメント解析

  • limmaの関数 kegga と topKEGG

  • コントラストを指定（例： coef = "dox_wt"）

  • species = "Mm" でマウス種を指定

    • Mm == Mus musculus
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練習しましょう！

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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