差次的発現データ

R での limma を用いた Differential Expression 解析

John Blischak

Instructor

実験データ

乳がんの研究
- Bioconductorパッケージ「breastCancerVDX」
- Wang et al., 2005 および Minn et al., 2007 に掲載
- 344名の患者：ER+ 209名、ER- 135名
慢性リンパ性白血病（CLL）の研究
- Bioconductorパッケージ「CLL」
- Sabina Chiaretti博士・Jerome Ritz博士
- 22名の患者：安定型8名、進行型14名

Rにおけるデータ

発現マトリクス（x）
フィーチャーデータ（f）― フィーチャー属性
表現型データ（p）― サンプル属性

発現マトリクス

行 = フィーチャー、列 = サンプル

class(x)

"matrix"

dim(x)

22283   344

x[1:5, 1:5]

              VDX_3     VDX_5     VDX_6
1007_s_at 11.965135 11.798593 11.777625
1053_at    7.895424  7.885696  7.949535
117_at     8.259272  7.052025  8.225930

フィーチャーデータ

行 = フィーチャー、列 = 任意の属性

class(f)

"data frame"

dim(f)

22283   3

f[1:3, ]

          symbol entrez   chrom
1007_s_at   DDR1    780  6p21.3
1053_at     RFC2   5982 7q11.23
117_at     HSPA6   3310    1q23

表現型データ

行 = サンプル、列 = 任意の属性

class(p)

"data frame"

dim(p)

344   3

# er = +/- for Estrogen Receptor
p[1:3, ]

      id age       er
VDX_3  3  36 negative
VDX_5  5  47 positive
VDX_6  6  44 negative

箱ひげ図による遺伝子発現の可視化

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(x[1, ] ~ p[, "er"], main = f[1, "symbol"])

練習しましょう！

R での limma を用いた Differential Expression 解析