差次発現解析

R での limma を用いた Differential Expression 解析

John Blischak

Instructor

差次発現解析の目的とは？

• 注目する表現型に関連する遺伝子を特定する
• 例:
  • 薬物などの刺激への応答
  • 発生過程における変化
  • 遺伝的変異の影響

なぜ差次発現解析が必要か？

• 新規性

  • 他に注目すべき遺伝子はあるか？

• 文脈

  • ある遺伝子の測定値は固有か、一般的か？

• システム

  • どの生物学的経路が重要か？

実験完了までの多くのステップ

• 研究デザイン
• 実験の実施
• データの収集
• データの前処理
• データの探索
• データの検定
• 結果の解釈
• 結果の共有

注意点

• 測定値は絶対値ではなく相対値である

• 統計的手法は不適切なデザインの研究を救えない

練習しましょう！

R での limma を用いた Differential Expression 解析