データの前処理

R での limma を用いた Differential Expression 解析

John Blischak

Instructor

ドキソルビシン誘発性心毒性の作用機序

  • ドキソルビシンの作用機序を調べる2×2デザイン：
    • 2種の遺伝型：野生型 (wt)、Top2bノックアウト (top2b)
    • 2種の処理：PBS (pbs)、ドキソルビシン (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
R での limma を用いた Differential Expression 解析

特徴量の確認

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

R での limma を用いた Differential Expression 解析

前処理のステップ

  • 対数変換

  • 分位点正規化

  • フィルタリング

R での limma を用いた Differential Expression 解析

サニティチェック：Top2bのボックスプロット

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
R での limma を用いた Differential Expression 解析

変動源の確認

  • 主成分分析

  • limma関数 plotMDS

  • クラスター数の予測

R での limma を用いた Differential Expression 解析

練習しましょう！

R での limma を用いた Differential Expression 解析

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