差次的結合の概要

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

サンプルの比較

• 2つのサンプルグループ：原発腫瘍と治療抵抗性腫瘍。

確認したい問い：

• 同じグループのサンプルは概ね類似しているか？
• 異なるグループのサンプルには差があるか？
• その差異は何か？

ChIP-seqデータのPCAプロット

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)

階層的クラスタリング

サンプル間の距離を計算する

distance <- dist(t(coverage))

デンドログラムを作成する

dendro <- hclust(distance)

デンドログラムを描画する

plot(dendro)

ヒートマップ

ピークのカバレッジデータからヒートマップを作成する

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

練習しましょう！

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq