差次的結合の検定

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seqサンプルグループの比較

  • リードカウントの統計解析により、グループ間の有意差を特定します。
  • DiffBind パッケージが解析ツールへのインターフェースを提供します。
    • DESeq2 または edgeR を使用します。
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共有ピークセットの作成

ピークセットにおけるリードのカウント:

peak_counts <- dba.count(qc_output, summits=250)
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コントラストの設定

コントラストの作成:

peak_counts <- dba.contrast(peak_counts, categories = DBA_CONDITION)

その他のサポートカテゴリ:

  • DBA_ID
  • DBA_TISSUE
  • DBA_FACTOR
  • DBA_TREATMENT
  • DBA_REPLICATE
  • DBA_CALLER
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コントロールの使用

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解析の実行

bind_diff <- dba.analyze(peak_counts)
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結果の概要

差次的結合ピークのPCAプロット

dba.plotPCA(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)

差次的結合ピークのヒートマップ

dba.plotHeatmap(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)
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練習しましょう！

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