ChIP-seqとは？

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

データ概要

  • 前立腺がん患者
    • 初発腫瘍サンプル：5件
    • 治療抵抗性サンプル：3件
  • アンドロゲン受容体（AR）を標的としたChIP
  • ARはテストステロン結合により活性化
  • 活性化ARは標的遺伝子の発現を制御
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

RでChIP-seqデータにアクセスする

  • BAMファイルの読み込み
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • リード座標の取得
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • カバレッジの計算
coverage(reads)
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

ピークコールへのアクセス

  • BEDファイルの読み込み
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • ピーク座標の取得
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • ピークスコアの抽出
score(peaks)
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さあ、練習しましょう！

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