ChIP-seq レビュー

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

復習：データのインポート

ピーク呼び出しの読み込み

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

BamViews オブジェクトの作成

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

リードの読み込み

reads <- readGAlignments(bam_views)

復習：ChIP-seq データの可視化

復習：差次的結合

復習：エンリッチメント解析

次のステップへ

自分でデータを探索してみましょう！
GEO でデータセットを検索できます: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/。
本コースで使用したデータはアクセッション番号 GSE65478 で公開されています。
Bioconductor ウェブサイト: https://bioconductor.org/
Bioconductor サポート: https://support.bioconductor.org/

よくできました！

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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