Vykreslování Poissonovy regrese

Zobecněné lineární modely v R

Richard Erickson

Instructor

Kdy použít geom_smooth s Poissonem

Nejlépe funguje s kontinuálními prediktory
Např. rostoucí dávka a počet rakovinných buněk na cm$^2$
Jinak použijte krabicový graf nebo podobný nástroj

Studie dávky rakovinných buněk

Simulace dat
Dávka-odpověď
- x: Dávka
- y: Počet rakovinných buněk na cm$^2$

Vykreslení bodů

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
    geom_point()

ggplot s body

Rozptýlení bodů

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)

Příklad rozptýlených bodů v ggplot2.

geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth()

Příklad výchozí geom_smooth() nad rozptýlenými body

GLM s geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth(method = 'glm')

Příklad GLM s geom_smooth() a výchozím GLM (LM)

Poissonův GLM s geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05) +
   geom_smooth(method = 'glm', method.args = list(family = 'poisson'))

Příklad grafu Poissonovy regrese

Shrnutí kroků

Vykreslit nepřekrývající se body
Přidat Poissonovu trendovou křivku
Upravit graf (zde neprovedeno)

Pojďme si procvičit!

Zobecněné lineární modely v R