Vzorce v R

Zobecněné lineární modely v R

Richard Erickson

Instructor

Proč jsou vzorce důležité pro mnohonásobnou logistickou regresi?

  • Vzorce jsou základem regrese
  • Mohou být složité
  • Klíčové je porozumět model.matrix()
Zobecněné lineární modely v R

Sklony

  • Odhaduje koeficient pro spojitou proměnnou
    • např. height = c(72.3, 21.1, 3.7, 1.0)
  • Vzorec také vyžaduje globální průsečík
  • Více sklonů: jeden sklon pro každý prediktor
Zobecněné lineární modely v R

Průsečíky

  • Diskrétní skupiny pro predikci
  • Faktor nebo znak v R: fish = c("red", "blue")
  • Jeden průsečík má dvě možnosti:
    • Referenční průsečík + kontrast: y ~ x
    • Průsečík pro každou skupinu: y ~ x -1
Zobecněné lineární modely v R

Vícenásobné průsečíky

  • Odhaduje efekt každé skupiny vůči referenční skupině
  • První skupina abecedně v rámci faktoru
  • Výchozí nastavení: jedna referenční skupina na proměnnou
    • y ~ x1 + x2
  • Lze určit skupinu s odhadnutým průsečíkem pro všechny skupiny
    • y ~ x1+ x2 - 1
  • První proměnná má průsečík odhadnutý pro každou skupinu
Zobecněné lineární modely v R

Dummy proměnné

  • Kóduje příslušnost ke skupině
  • Používá se interně (tj. model.matrix())
  • Hodnoty 0 a 1 pro každou skupinu
  • Příklad vstupu: color = c("red", "blue")
  • Dummy proměnné pro y ~ colors:
    • intercept = c(1, 1)
    • blue = c(0, 1)
  • Dummy proměnné pro y ~ colors - 1 :
    • red = c(1, 0)
    • blue = c(0, 1)
Zobecněné lineární modely v R

model.matrix()

  • model.matrix() provede výpočty za nás
  • Základ vzorců v R
model.matrix( ~ colors)

  (Intercept) colorsred
1           1         1
2           1         0

attr(,"assign")

[1] 0 1

attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$colors

"contr.treatment"
  • Pořadí určeno pořadím faktoru
  • Pořadí lze změnit pomocí Tidyverse nebo factor()
Zobecněné lineární modely v R

Faktor vs. numerická hodnota

  • R považuje proměnnou za numerickou
    • např. month = c(1, 2, 3)
month <- c( 1, 2, 3)
model.matrix( ~ month)

  (Intercept) month
1           1     1
2           1     2
3           1     3

attr(,"assign")

0 1
  • Je nutné specifikovat faktor nebo znak
    • např. month = factor(c( 1, 2, 3))
model.matrix( ~ month)

  (Intercept) month2 month3
1           1      0      0
2           1      1      0
3           1      0      1

attr(,"assign")

0 1 1

attr(,"contrasts")$month

"contr.treatment"
Zobecněné lineární modely v R

Pojďme procvičovat!

Zobecněné lineární modely v R

Preparing Video For Download...