Obrazová data

Biomedical Image Analysis in Python

Stephen Bailey

Instructor

Biomedicínské zobrazování: více než století objevů

$$1895$$

Autor Wilhelm Röntgen. - [1], Public Domain, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=5059748

$$2017$$

Autor Mikael Häggström - vlastní dílo, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=61722886

Biomedical Image Analysis in Python

Cíle kurzu

Pracovní postup se snímky

Sada nástrojů

  • ImageIO
  • NumPy
  • SciPy
  • matplotlib
Biomedical Image Analysis in Python

Načítání obrazů

  • imageio: čtení a ukládání obrazů
  • Objekty Image jsou pole NumPy.
import imageio.v2 as imageio
im = imageio.imread('body-001.dcm')

type(im)

imageio.core.Image

im

Image([[125, 135, ..., 110],
       [100, 130, ..., 100],
        ...,
       [100, 150, ..., 100]], 
          dtype=uint8)
Biomedical Image Analysis in Python

Načítání obrazů

  • Pole lze rozřezat zadáním hodnot podél každé dostupné dimenze.
im[0, 0]

125

im[0:2, 0:2]

Image([[125, 135],
       [100, 130]], 
       dtype=uint8)
Biomedical Image Analysis in Python

Metadata

  • Metadata: informace o tom, kdo, co, kdy, kde a jak byl obraz pořízen

  • Přístupná v objektech Image prostřednictvím atributu slovníku meta

im.meta

im.meta['Modality']

im.meta.keys()

Dict([('StudyDate', '2017-01-01'),
      ('Modality', 'MR'),
      ('PatientSex', F),
      ...
      ('shape', (256, 256)])

'MR'

odict_keys(['StudyDate', 
            'SeriesDate', 
            'PatientSex',
             ...
             'shape'])
Biomedical Image Analysis in Python

Vizualizace obrazů

  • Funkce imshow() knihovny Matplotlib zobrazuje 2D obrazová data

  • K dispozici je mnoho barevných map, nejčastěji se používá stupně šedi (cmap='gray')

  • Popisky os jsou pro obrazy obvykle nepotřebné

import matplotlib.pyplot as plt

plt.imshow(im, cmap='gray')

plt.axis('off')

plt.show()

koronální řez

Biomedical Image Analysis in Python

Pojďme procvičovat!

Biomedical Image Analysis in Python

Preparing Video For Download...