Objekty a štítky

Biomedical Image Analysis in Python

Stephen Bailey

Instructor

Segmentace rozděluje obrázek na části

segmentace-buněk

segmentace-mozku

Sunnybrook Cardiac Database

Ejekční frakce: podíl krve vypumpované z levé komory srdce.

ilustrace-ejekční-frakce

Srdeční snímek

Označování komponent obrázku

srdeční-2d-maska

Označování komponent obrázku

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

označené-buňky

Výběr štítků

Výběr jednoho štítku v obrázku:

np.where(labels == 1, im, 0)

Jeden štítek

Výběr více štítků v obrázku:

np.where(labels < 3, im, 0)

Dva štítky

Extrakce objektů

Ohraničující rámeček: rozsah pixelů zcela ohraničující objekt
ndi.find_objects() vrací seznam souřadnic ohraničujících rámečků

označený-obrázek-s-ohraničujícími-rámečky

Extrakce objektů

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

více-rámečků-v-obrázku

Pojďme si procvičit!

Biomedical Image Analysis in Python