Masky

Biomedical Image Analysis in Python

Stephen Bailey

Instructor

Původní obraz

Celý mozek

Maska obrazu

Maska

Vytváření masek

Logické operace vrací True / False pro každý pixel

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

Ukázkové operace

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

mask1 = im > 32

histogram nohy

maska nohy 1

mask2 = im > 64

mask3 = mask1 & ~mask2

maska nohy 2

maska nohy 1 a 2

np.where(condition, x, y) řídí, která data maskou projdou.

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

obraz bez nekostních částí

m = np.where(im > 64, 1, 0)

maska nohy 1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

binární dilatace masky nohy

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

binární eroze masky nohy

Biomedical Image Analysis in Python