Měření intenzity

Biomedical Image Analysis in Python

Stephen Bailey

Instructor

Měření intenzity

Pro jeden objem srdečních časových řad máme následující popisky:

Levá komora
Střední část

2D snímek srdce s popisky

Funkce

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

Funkce aplikované přes všechny dimenze, volitelně pro konkrétní popisky.

Vlastní funkce:

ndi.labeled_comprehension()

Volání měřicích funkcí

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# All pixels
ndi.mean(vol)

3.7892

# Labeled pixels
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# Label 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# Labels 1 and 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

Histogramy objektů

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

Histogramy objektů

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

graf histogramů

Histogramy zahrnující více typů tkání mají několik vrcholů
Histogramy dobře segmentované tkáně často připomínají normální rozdělení

Pojďme si procvičit!

Biomedical Image Analysis in Python