Role S4 v Bioconductoru

Úvod do Bioconductoru v R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Výhody

CRAN, jednoduché ale výkonné
Flexibilní a interaktivní
Používá generické funkce
Funkčnost závisí na prvním argumentu
Příklad: plot() a methods(plot)

Nevýhody

Slabá validace typů a pojmenování (tečka, nebo ne?)
Dědičnost funguje, ale závisí na vstupu

S4

Výhody

Formální definice tříd
Znovupoužitelnost v Bioconductoru
Validace typů
Pojmenovávací konvence

Příklad: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Nevýhody

Složitější struktura než S3

Je to S4, nebo ne?

Zjistit, zda je objekt S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str objektů S4 začíná s Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Definice třídy S4

Třída popisuje reprezentaci

name
slots (metody/pole)
contains (definice dědičnosti)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Souhrn objektu

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Pojďme si procvičit!

Úvod do Bioconductoru v R