Projekt Bioconductor

Úvod do Bioconductoru v R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Úvod do Bioconductoru v R

Co měříme a proč?

  • Struktura: elementy, oblasti, velikost, pořadí, vztahy

struktura-části

  • Funkce: exprese, hladiny, regulace, fenotypy

funkce

Úvod do Bioconductoru v R

Jak instalovat balíčky Bioconductor?

  • Bioconductor má vlastní repozitář a způsob instalace balíčků
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Úvod do Bioconductoru v R

Verze Bioconductoru a balíčků

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
Úvod do Bioconductoru v R

Kontrola verzí balíčků

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
Úvod do Bioconductoru v R

Aktualizace balíčků

# Check for package updates
valid()
Úvod do Bioconductoru v R

Pojďme cvičit!

Úvod do Bioconductoru v R

Preparing Video For Download...