Příprava dat pro DESeq2

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Data pro DESeq2: pořadí vzorků

Metadata meta_neuspořádaná

Surové počtycounts_ordered

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Data pro DESeq2: pořadí vzorků

rownames(wt_metadata)

 [1] "wt_normal3"  "smoc2_fibrosis2" "wt_fibrosis3"  "smoc2_fibrosis3" "smoc2_normal3"   "wt_normal1"     
 [7] "smoc2_normal4"  "wt_fibrosis2"  "wt_normal2"  "smoc2_normal1"  "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis4"
[13] "wt_fibrosis4"  "wt_fibrosis1" 

colnames(wt_rawcounts)

 [1] "wt_normal1"  "wt_normal2"  "wt_normal3"  "wt_fibrosis1"   "wt_fibrosis2"    "wt_fibrosis3"   
 [7] "wt_fibrosis4"  "smoc2_normal1"  "smoc2_normal3"  "smoc2_normal4"   "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis2"
[13] "smoc2_fibrosis3" "smoc2_fibrosis4"
RNA-Seq s Bioconductorem v R

Data pro DESeq2: pořadí vzorků

all(rownames(wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

FALSE
RNA-Seq s Bioconductorem v R

Sladění pořadí mezi vektory

Použití funkce match():

match(vector1, vector2)

vector1: vektor hodnot v požadovaném pořadí

vector2: vektor hodnot k přeuspořádání

výstup: indexy určující, jak přeuspořádat vector2 tak, aby odpovídal pořadí vector1

match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata)

6   9   1   14  8   3   13  10  5   7   11  2   4   12
RNA-Seq s Bioconductorem v R

Přeuspořádání pomocí výstupu match(): 

idx <- match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata))

reordered_wt_metadata <- wt_metadata[idx, ]

View(reordered_wt_metadata)

Přeuspořádaná metadata

RNA-Seq s Bioconductorem v R
all(rownames(reordered_wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

TRUE

Přeuspořádaná metadata

 

Uspořádané počty

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Vytvoření objektu DESeq2

# Create DESeq object
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

objekt deseq

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pojďme procvičovat!

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Preparing Video For Download...