Normalizace počtů

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow-normalizace

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Normalizace počtů

norm_methods

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Normalizace hloubky knihovny

norm_methods

RNA-Seq s Bioconductorem v R

norm_methods

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Vliv složení knihovny

složení RNA – normalizace

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Normalizace v DESeq2

příklad mediánu poměrů

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Normalizované počty: výpočet

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

size factors

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Normalizované počty: extrakce

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

normalized_counts

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pojďme si procvičit!

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Preparing Video For Download...