Shrnutí DE analýzy RNA-Seq

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Příprava RNA-Seq

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Kontrola kvality

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Workflow RNA-Seq: Kontrola kvality surových dat

Kontaminace sekvencí

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Zarovnání

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Workflow RNA-Seq: Zarovnání

Zarovnání 2

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Kvantifikace

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Workflow RNA-Seq: Kvantifikace

počty

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Úplný workflow

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Příprava DE analýzy: objekt DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

data počtů

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pojďme procvičovat!

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Preparing Video For Download...