Pracovní postup RNA-Seq

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Pracovní postup RNA-Seq: Experimentální design

  Biologické replikáty

  • Technické replikáty: Technická variabilita je obecně nízká, takže nejsou nutné.

  • Biologické replikáty: Zásadní pro úspěch analýz diferenciální exprese. Čím více replikátů, tím lépe – minimálně však 3.

  • Dávkové efekty: Co nejvíce jim předcházejte a zaznamenávejte všechny experimentální proměnné.

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pracovní postup

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Příprava RNA-Seq

RNA-Seq s Bioconductorem v R

KK

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pracovní postup RNA-Seq: Kontrola kvality

Kvalita sekvencí

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Zarovnání

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pracovní postup RNA-Seq: Zarovnání

Zarovnání ke genomu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Kvantifikace

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pracovní postup RNA-Seq: Matice počtů

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Matice počtů

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Úplný pracovní postup

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Ukázkové výsledky

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Úplný pracovní postup

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Nyní jste na řadě!

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Preparing Video For Download...