Analýzy unsupervised clusteringu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Instructor

Pracovní postup DESeq2 – QC

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Analýzy unsupervised clusteringu: logaritmická transformace

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq s Bioconductorem v R

příklad heatmapy

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Hierarchické shlukování s korelačními heatmapami

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

korelační matice

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Hierarchické shlukování s korelačními heatmapami

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq s Bioconductorem v R

Hierarchické shlukování s korelačními heatmapami

heatmapa wildtype

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pojďme procvičovat!

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Preparing Video For Download...