Analýza hlavních komponent

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Příklad PCA

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

PCA 2 vzorky

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

PC2

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

Vliv PC

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

Vliv PCA

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

Vliv PCA

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

Hodnoty vzorků PCA

Příklad PCA

Analýza hlavních komponent (PCA): Teorie

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

Pojďme si procvičit!

RNA-Seq s Bioconductorem v R