Randomizace sítí

Analýza sítí v R

James Curley

Associate Professor, University of Texas at Austin

Náhodné grafy

erdos.renyi.game(n = gorder(g), p.or.m = edge_density(g), type = "gnp")

Náhodné grafy a randomizační testy

Vygenerujte 1000 náhodných grafů na základě původní sítě - např. se stejným počtem vrcholů a přibližnou hustotou.
Vypočítejte průměrnou délku cesty původní sítě.
Vypočítejte průměrnou délku cesty 1000 náhodných sítí.
Zjistěte, kolik náhodných sítí má průměrnou délku cesty větší nebo menší než původní síť.

Generování 1000 náhodných grafů:

gl <- vector('list',1000)

for(i in 1:1000){
    gl[[i]] <- erdos.renyi.game(
                    n = gorder(g), 
                    p.or.m = edge_density(g), 
                    type = "gnp"
                     ) 
}

Výpočet průměrné délky cesty 1000 náhodných grafů:

gl.apls <- unlist(
  lapply(gl, mean_distance, directed = FALSE) 
)

Porovnání s původní sítí

hist(gl.apls, breaks = 20)

abline(
  v = mean_distance(
    g, directed=FALSE
    ),
      col = "red", 
      lty = 3, 
      lwd = 2
)

Pojďme cvičit!

Analýza sítí v R